Η αρχή λειτουργίας της γεννήτριας χλωρίου άλατος είναι η παραγωγή διαλύματος υποχλωριώδους νατρίου με ηλεκτρολύτη αραιωμένου αλμυρού νερού, συνειδητοποιώντας έτσι τη λειτουργία απολύμανσης. Η συγκεκριμένη διαδικασία έχει ως εξής:
Διαδικασία ηλεκτρόλυσης: Όταν το αλμυρό νερό διέρχεται από τη γεννήτρια χλωρίου άλατος, το αλμυρό νερό αποσυντίθεται σε ιόντα χλωριούχου και ιόντα υδροξειδίου με ηλεκτρόλυση στο ηλεκτρολυτικό κύτταρο. Στην άνοδο, τα ιόντα χλωριούχου χάνουν ηλεκτρόνια για να παράγουν αέριο χλωρίου και στην κάθοδο, τα μόρια του νερού μειώνονται σε ιόντα αερίου υδρογόνου και υδροξειδίου.
Χημική αντίδραση: Το παραγόμενο αέριο χλωρίου αντιδρά με νερό για να παράγει υποχλωριώδες οξύ (HCLO), το οποίο έχει ισχυρές οξειδωτικές ιδιότητες και μπορεί να σκοτώσει βακτήρια και ιούς στο νερό.
Σύστημα ελέγχου: Οι γεννήτριες χλωρίου αλατιού είναι συνήθως εξοπλισμένα με σύστημα ελέγχου μικροϋπολογιστών, το οποίο μπορεί να εμφανίζει διαισθητικά παραμέτρους όπως ποσοστό απόδοσης ηλεκτρόλυσης, τάση ηλεκτροδίου, ρεύμα κινητήρα και αλατότητα άλμης πισίνας. Οι χρήστες μπορούν να ελέγξουν τη λειτουργία του εξοπλισμού ρυθμίζοντας διαφορετικές χρονικές περιόδους για να επιτύχουν αυτόματη λειτουργία.